如何使用NEBcutter2.0 之一

NEBcutter2.0入门教程1

NEBcutter是neb推出的分析限制性酶切位点一个程序。 nebcutter通过一个web服务, 输入一个DNA序列，利用大肠杆菌的基因代码，一次性就可以找到一批大的、不重叠的开放阅读框ORF，以及针对所有Ⅱ型和商用Ⅲ型限制性酶位点，只需剪切一次序列。它形成一个限制性酶切位点的综合分析报告，生成各种输出内容包括限制性内切酶图,理论切割和到限制性内切酶数据库REBASE的链接 。它每天从REBASE更新识别位点的目录,并且标记了所有可能被DNA甲基化影响的位点。 存在许多种用于切割的酶的选择。

该软件已经成为了生物工作者尤其是基因工作者的一个常用的软件。 它可以方便快捷地分析出所给序列的限制性酶切位点， 还可以选择特定种类和类别的限制性内切酶。在酶切图谱中还可以直接点击酶的名称获得相关信息。 为生物工程的工作提供了很大的便利。

NEBcutter使用方法

1. 通过neb网址进入http://tools.neb.com/NEBcutter2/

2. 输入dna序列文件。输入dna文件有3种方式：

2.1 Local sequence file: 本地序列文件, 输入本地计算机上保存的序列文件的名称。nebcutter文件格式包括：FASTA、GCG、DNAStar、DNAStar、EMBL和GenBankflatfile。只包含纯DNA序列的文本文件也可以使用。

2.2 GenBank number: 输入GenBank编号，也可以搜索GenBank编号。

2.3 Paste in your DNA sequence: 直接拷贝粘贴你文件中的DNA序列中，普通dna序列或fasta格式的序列都可以。可以直接键入一个短序列。

3. 主要参数设置

3.1 Standard sequences: 标准序列-选择质粒载体、病毒、噬菌体的名称。

3.2. The sequence is：序列是线性的还是环形的。请注意，如果使用包含环型序列的GenBank文件，neb cutter将自动提取该序列。

3.3. Enzymes to use：酶的来源

3.3.1 NEB enzymes: neb酶，涵盖neb销售的所有酶，包括同裂酶和异裂酶。

3.3.2 All commercially availablespecificities: 所有可用的商业特异性酶，包括所有NEB酶，以及一些非NEB销售的、其他公司的具有特异性的酶。

3.3.3 All specificities: 全部特异性酶，包括商用的和文库里的。

3.3.4 All + Defined oligonucleotide sequences: 包括以上全部，加上自定义的寡核苷酸序列，包括所有特异性，以及多达40个用户可以定义的其他寡核苷酸序列。

3.3.5 Only defined oligonucleotidesequences   仅自定义的寡核苷酸序列，不包括其他酶，仅处理用户定义的寡核苷酸序列。

3.3.6 Minimum ORF length to display 开放阅读框架ORF显示最少长度。

4. Submit提交。我们以MoloneyMurine Leukemia Virus，MMLV病毒序列为示例, 黏贴，提交。

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NEBcutter2.0入门教程2