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ID Genomics开发手持式新冠病毒变异检测系统

总部位于西雅图的诊断产品开发商ID Genomics正在调整其基因指纹技术,以便在护理点POC进行新冠病毒SARS-CoV-2变异检测。该公司正与IEH实验室合作,在一种名为Watson的手持式热循环仪上开发一种多重PCR变异测试,该仪器具有多波段免疫层析诊断DNA色谱读数功能。

除了这款可以现场部署的COVID-19新冠病毒变异基因分型检测产品外,ID Genomics也将很快推出变异病毒测序服务。

Evgeni Sokurenko是Id Genomics的总裁兼首席执行官,同时也是华盛顿大学微生物学教授。

在最近的一次采访中,Sokurenko说,ID Genomics正在使用巢式PCR检测变异新冠病毒,在一根试管中可以实现多达50个反应。

具体而言,该技术放大了SARS-CoV-2基因组两个区域的约500个碱基,这两个区域是受体结合域和棘突蛋白N末端域。这些区域之后成为多重SNP检测分析的重点。

巢式PCR可以有很高的特异性,只有很少的假阳性或阴性。

该方法目前能够在一次反应中检测到12个SNPs,但通常在一个病毒基因组中只有3/4的这些SNPs存在。该方法还使用连接到金珠的寡核苷酸标记的扩增子,金珠随后与嵌入侧向流动试纸中的互补寡核苷酸结合。

最初的快速扩增步骤可以作为病毒检测试验,使用试纸检测扩增的RBD和spike基因片段。巢式PCR步骤可对阳性样本进行反应,耗时10分钟,整个过程(包括两次试纸检测)可在一个标准0.5微升试管中进行。

这与基于实验室的多重新冠病毒基因分型测试形成对比,后者可能需要能够检测多种荧光团的熟练技术人员和仪器,因此成本可能更高。

ID Genomics试纸条



DIP开关和试纸条

IEH实验室已经开发了用于进行反应的横向流量试纸和袖珍的热循环仪。

IEH实验室成立于2001年,历史上专注于食品和环境检测。

该公司首席执行官Mansour Samadpour告诉Magigen,IEH很早就开始制造自己的设备,以及病原体检测试剂盒。

新冠病毒大流行开始后,他们开发了一个名为Watson的开放式PCR仪器,可以连接到手机或计算机,并存储16个PCR加热程序。

这些设备使用四个DIP开关,可编程。该设备本身一次最多可以运行四个反应。电源可以是墙上的插头、汽车点烟器适配器或备用电池。Watson仪器的价格在300美元左右。

Samadpour说,Watson正在制造中,不久将投入市场。该团队还正在研制该仪器的RT-PCR版本。

同样由IEH实验室制造的侧向流试纸条可检测标记的低聚物,并在大约5分钟内产生结果。

目前,试纸条设计用于检测八个标签,但理论最大值为24个,每边12个。

该条带会产生一个条形码,显示患者样本病毒基因组中的SNP组合。

ID Genomics还计划开发一款手机摄像头和应用程序来捕捉条形码,并为用户提供清晰的读数。

该测试协议的设计是经济高效和用户友好的,因此它可以被更多的实验室采用。

上个月,该团队获得了美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)和美国国立过敏与传染病研究所(National Institutes of Allergy and Infectory Diseases)颁发的一项为期一年的299200美元的奖金,以进一步开发新冠病毒变异指纹系统。

ID Genomics计划最终将该系统提交给美国食品和药物管理局FDA,以获得紧急使用授权,但首先将重点放在使用该系统进行监测或作为实验室开发的测试。

在手持变异检测的同时,ID Genomics将在未来几周内, 以其扩增子检测为出发点, 推出一项定向测序变异病毒的监测服务。

Sokurenko说,该方法将使用病毒扩增子的Sanger测序,这比全基因组测序更具成本效益,该公司将争取快速周转时间,以使变异监测更加有用。

“病毒正在适应我们的免疫状态和我们采取的措施,”他说。“如果你在进行军备竞赛,你最好有快速、实时的监视。”

通过基因分型或测序增加变异检测可以使流行病学家和公共卫生团队在另一种危险变异开始出现时能够更快地进行干预。

成本更低、使用更方便的技术还可以扩大人群抽样范围,有助于将筛查范围扩大到无症状人群,并有可能实现对有症状人群的精确治疗。

该团队正在考虑使用其快速变异指纹PCR测试技术,向客户提供初步结果,并于次日在当地基因实验室进行Sanger测序确认。


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文章分类: IVDNEWS生物产业新闻
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