小RNA测序原理-技术简介

Small RNA主要包括miRNA(microRNA)、siRNA (small interfering RNA)、piRNA (piwi-interacting RNA)三类。

它们通过各种序列特异性的基因沉默作用，包括RNA干扰(RNAi)、翻译抑制、异染色质形成等，诱导基因沉默，调控诸如细胞生长发育、应激反应、沉默转座子等各种各样的细胞生理过程。小RNA利用第二代高通量测序技术，对某物种某组织在特定状态下的18-30nt（或18-40nt）的小RNA进行高通量测序，通过数据库比对进行信息分析。

Small RNA测序是基于illumina HiSeq2500测序平台，

研究特定组织在特定状态下的所有已知Small RNA,也可发现物种或组织特异Small RNA，并預测其靶基因，为研究Small RNA的功能及基因调控机制提供了有力工具。

小RNA测序步骤流程

1.   Total RNA样品测序

2.   3’端接头连接

3.   5’端接头连接

4.　反转录cDNA合成

5.   PCR富集     

6.   PAGE胶回收纯化

7.     上机测序

小RNA测序分析内容




送样要求

1、样本类型：RNA；

2、样本总量：≥5ug；

3、样本浓度：≥200ng/ul；

4、样本纯度：OD260/280=1.80-2.00，RIN≥8.0；

5、样本保存期间切忌反复冻融，送样时请使用干冰运输。




小RNA测序分析案例分享：BMC Genomics: Small RNA和降解组联合分析鉴定玉米果穗发育过程中差异miRNA及其靶基因


研究目的

寻找与玉米果穗发育相关的miRNA及其靶基因，为阐明果穗发育过程中的分子调控机制奠定基础。

材料方法

玉米果穗发育4个阶段的小RNA测序以及降解组测序。

研究结果

找到了两条可能在玉米果穗发育过程中发挥关键作用的miRNA



参考文献

Liu H, Qin C, et al. Identification of miRNAs and their target genes in developing maize ears by combined small RNA and degradome sequencing. BMC Genomics.
2014 Jan 14;15:25. doi: 10.1186/1471-2164-15-25.

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