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美格生物

MAGIGEN

lncRNA测序

  技术简介:

    长链非编码RNAlong non-coding RNAlncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNAlncRNA起初被认为是基因组转录的噪音,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。

    lncRNA通常较长,具有mRNA样结构,有些具有poly(A)尾巴,有些没有poly(A)尾巴,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式,与编码基因相比,lncRNA表达量更低。


    lncRNA特征:

    组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同。

    时空特异性:同一组织或器官的不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化。lncRNA的亚细胞位置上也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布,甚至某些

    lncRNA具有独特的亚细胞位置,有可能是全新的亚细胞构成。

    lncRNA在肿瘤与其他疾病中可作为生物标记。



    服务流程:

    1.   提取总的RNA

    2.  去除核糖体RNA

    3.  文库构建

    4.  测序

    5.  生物信息学分析


    分析内容:

    1、鉴定已知lncRNAs

    2、预测新的lncRNAs

    3lncRNAs的序列进化和表达模式进化分析

    4lncRNAs表达量的评估和差异表达分析

    5lncRNAs的调节和组织特异性分析

    6lncRNAs共表达网络分析

    7lncRNAsGO功能分析


    案例分享:Cell research: 运用RNA-seq技术次首发现中国人群特异的前列腺癌融合基因

    研究目的

    寻找与前列腺癌相关的非编码RNA、融合基因等,为进一步了解前列腺癌的诊断、发病演化机制和种族差异性提供线索。

    材料方法

    14个中国前列腺癌病人的癌变组织与正常组织;Illumina测序平台,平均测序量为5.98G/样品。

    研究结果

    1在欧美人群中普遍高频表达(50-80%)的融合基因TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅有20%左右,而在欧美人群中尚未发现的融合基因CTAGE5-KHDRBS3USP9Y-TTTY15在中国人群中却有很高的表达频率,分别为37%35.2%

    2对多个差异性表达的长链非编码RNA进行验证表明:PCA3FR0348383 MALAT-1在癌组织中的过表达率分别为80%72.5%82.5%FR0257520 在癌组织中的低表达率为82.5%

    3绘制了中国人群特异性的前列腺癌图谱,提出了3条关键信号通路。

    参考文献

    Shancheng Ren, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings. Cell research 22(5): 806-821(2012).

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