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美格生物

MAGIGEN

领先的POCT、IVD分子检测技术提供商

转录组测序分析

技术简介


转录组是某个物种或特定细脃类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体的水平研究基因的功能以及基因的结构,

揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等領域。

基于Illumina高通量測序平台的转彔组测序技术,能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本,

精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态性),提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无霈预先针对已知序列设计探针,

即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目的深入研究转录组复杂性的强大工具。


实验流程

RNA片段化处理反转录合成cDNA DNA测序接头连接 PCR扩增文库深度测序图像识别 RNA序列信息

分析内容

一、原始测试数据

二、测序评估及低质量过滤

 1、无参转录组

      1.1、Unigene的组装和功能注释

         1.2、Unigene的编码蛋白框CDS预测

       1.3、SSR/SNP位点寻找

       1.4、Unigene表达量差异分析

       1.5、GO功能显著性富集、Kegg通路显著性富集


  2、有参转录组

        2.1、对比到参考基因组

                2.1.1、可变剪切分析

                2.1.2、基因融合分析

                2.1.3、SNP/InDel分析

        2.2、基因拼接与注释

        2.3、基因差异表达分析

                2.3.1、蛋白互作网络

        2.4、GO功能显著性富集、Kegg通路显著性富集


送样要求

RNA样本

1样本总量:建议送样量≥10ug,对于总量≥1ug的样本可以采用风险建库;

2样本浓度:最低50ng/ul

3样本纯度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥7.0;

4样本保存期间切忌反复冻融,送样时请使用干冰运输。

cDNA样本

1样本总量:送样量≥2ug;

2样本浓度:最低10ng/ul

3样本纯度:OD260/280=1.80-2.00,RIN≥7.0;

4样本保存期间切忌反复冻融,送样时请使用干冰运输。


案例分享:Genome Res: 转录组测序发现大量低表达丰度的新转录本

研究目的

利用高通量测序技术研究水稻转录本

材料方法

8个不同的水稻组织,采用单端+双端的测序策略

研究结果

通过与水稻cDNA数据库比对,发现这些新转录本主要是低丰度转录本。这表明相对于传统方法,转录组测序能发现更多的低丰度基因(如下图所示)。

转录组测序与cDNA测序相比可以发现更多低拷贝转录本

A. 新鉴定转录本长度分布 B. 新转录本与cDNA基因表达水平比较图


参考文献

Zhang GJ, Guo GW, Hu XD, et al. Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome. Genome Res, 2010, 20:646-654.


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