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真菌基因组测序

真菌基因组测序是指基于高通量二代NGS或三代测序技术,获得真菌的全基因组序列后,利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释,可为研究真菌特有的生物学特征(致病机制,与宿主互作机制、代谢机制等)提供分子生物学基础;结合比较基因组分析,可为研究真菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。真菌全基因组测序已经成为真菌基因组研究不可或缺的重要工具。

真菌全基因组测序可分为真菌基因组De novo测序及真菌基因组重测序两大类,根据研究目的及需求的不同,可进一步细分为以下产品:

产品测序平台测序策略组装指标适用范围项目周期
真菌SurveyHiSeq PE150350bp文库 ≥ 100X估算基因组大小
评估组装难度
30个自然日
真菌框架图HiSeq PE150350bp文库 ≥ 100X大量菌株
框架测序
45个自然日
真菌精细图PacBio RSII
HiSeq PE150
PacBio文库 ≥ 70X
350bp文库 ≥ 20X
基因组<100 Mb
CN50*≥1 Mb;
基因组≥100 Mb
CN50*≥500 Kb
少量个体
精细组装
75个自然日


文章分类: 微生物基因组
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