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细菌基因组测序

细菌基因组测序是指基于高通量二代NGS或三代测序技术,获得细菌的全基因组序列后,利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释,可为研究细菌特有的生物学特征(致病机制,耐药机制,与宿主互作机制、共生机制及代谢机制等)提供分子生物学基础;结合比较基因组分析,可为研究细菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。细菌全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。

细菌全基因组测序可分为细菌基因组De novo测序及细菌基因组重测序两大类,根据研究目的及需求的不同,可进一步细分为以下产品:

产品测序平台测序策略组装指标适用范围项目周期
细菌框架图HiSeq PE150350 bp文库 ≥ 100 X大规模测序
快速扫描
30个自然日
细菌精细图HiSeq PE150350 bp文库 ≥100X
6 Kbp文库 ≥100X
≤30 scaffolds中等规模测序
适度精细
45个自然日
细菌完成图PacBio RS II10 Kb SMRT 文库 ≥50 X1 contig
0 Gap
少量菌株测序
精确到位
60个自然日


文章分类: 微生物基因组
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